سید علی خامنه ای

پس از مرگ سید روح‌الله خمینی در ۱۳۶۸، سید علی خامنه‌ای که رئیس‌جمهور بود، به‌عنوان دومین رهبر جمهوری اسلامی ایران انتخاب شد. پیش از انتخاب خامنه‌ای، حسینعلی منتظری قائم‌مقام رهبر ایران بود و برای رهبری در نظر گرفته شده بود. انتخاب خامنه‌ای در آن زمان به‌دلیل نداشتن مرجعیت بحث‌برانگیز بود. خامنه‌ای همه‌گیری کووید-۱۹ را احتمال «حملهٔ بیولوژیکی» توصیف و واردات واکسن آمریکایی و انگلیسی به ایران را ممنوع کرد که عفو بین‌الملل واکنش نشان داد و در بیانیه‌ای نوشت: «خامنه‌ای در حال بازی با جان میلیون‌ها انسان است.» به وی اتهاماتی چون دستور ترور میکونوس نسبت داده شده است. همچنین در فروردین ۱۴۰۴ سباستین باسو، دادستان اصلی پرونده انفجار آمیا، مرکز یهودیان آرژانتین در بوئنوس آیرس از دادگاه فدرال این کشور خواست که برای علی خامنه‌ای، رهبر ایران حکم بازداشت داخلی و بین‌المللی صادر کند. اعتراضات گسترده‌ای شامل اعتراضات دانشجویی ۱۳۷۸، اعتراضات جنبش سبز در سال‌های ۱۳۸۸ و ۱۳۸۹، اعتراضات دی ۱۳۹۶، اعتصابات ۱۳۹۷–۱۳۹۸، اعتراضات آبان و دی ۱۳۹۸، خیزش ۱۴۰۱ و خیزش ۱۴۰۴ به وقوع پیوست که همه آنها در دوران رهبری وی سرکوب شد. خامنه ای در نهایت بر اثر حملات هوایی آمریکا و اسرائیل به ایران در صبح روز شنبه ۹ اسفند ۱۴۰۴ ترور شد و دوران رهبری او به پایان رسید.